Sebagai program studi yang selalu mendukung pengembangan keilmuan, Prodi Magister PAI UIN Sunan Kalijaga selalu berupaya mendorong civitas akademik untuk menghasilkan karya-karya yang berkualitas dan bermanfaat bagi khalayak masyarakat. Banyak upaya yang dilakukan oleh magister PAI untuk mendukung pengembangan keilmuan tersebut, salah satunya dengan memberikan apresiasi kepada dosen dan mahasiswa atas karya yang dihasilkan. Salah satu program apresiasi yang telah dilakukan oleh Prodi Magister PAI yaitu Apresiasi Pendaftaran HKI. Program ini telah berjalan selama 2 tahun dan diadakan setiap 1 tahun sekali. Pada tahun ini 14 Karya dosen bersama mahasiswa telah berhasil didaftarkan dan memperoleh sertifikat HKI. Karya yang terpilih dan didaftarkan tahun ini berupa penelitian kolaboratif dosen dan mahasiswa serta pengabdian kolaboratif dosen mahasiswa. Adanya program apresiasi ini diharapkan dosen dan mahasiswa semakin aktif dalam menghasilkan karya ilmiah baik yang dihasilkan sendiri maupun kolaboratif.