Kebijakan Eksternal
- Undang-Undang nomor: 20 tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional
- Undang-undang Nomor 14 Tahun 2005 tentang Guru dan Tenaga Pendidik
- Peraturan Pemerintah Nomor 37 Tahun 2009 tentang Dosen (Lembaran Negara RI Tahun 2009 Nomor 76, Tambahan Lembaran Negara RI Nomor 5007);
- Undang-undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi (Lembaran Negara RI Tahun 2012 Nomor 158, Tambahan Lembaran Negara RI Nomor 5336)
- Peraturan Menteri Agama RI Nomor 39 Tahun 2015 tentang Rencana Strategis Kementerian Agama Tahun 2015-2019
- Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 69 Tahun 2016 tentang Pedoman Pembentukan Komite Penilaian dan atau Reviewer dan Tata Cara Pelaksanaan Penilaian Penelitian;
- Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 20 Tahun 2018 tentang Penelitian (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2018 Nomor 759);
- Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Nomor 9 Tahun 2018 tentang Akreditasi Jurnal Ilmiah (Berita Nega Republik Indonesia Tahun 2018 Nomor 428);
- Peraturan Menteri Keuangan Nomor 203 Tahun 2020 tentang Tata Cara Pembayaran dan Pertanggungjawaban Anggaran Penelitian atas Beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (Berita Acara Negara Republik Indonesia Tahun 2020 Nomor 1495);
Kebijakan Internal
- Panduan Penulisan Tesis Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta
- Statuta UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Tahun 2014
- Renstra UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Tahun 2020-2024
- SK Rektor UIN Sunan Kalijaga Nomor 118.1 Tahun 2024 Tentang Pedoman Akademik Program Magister UIN Sunan Kalijaga
- Pedoman Akademik Program Magister UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Tahun 2024
- Rencana Induk Pengembangan (RIP) UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta Tahun 2015-2039