Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam (PAI) merupakan salah satu prodi yang terdapat di Program Pascasarjana UIN Sunan Kalijaga yang mulai diselenggarakan pada tahun 1983 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 26 Tahun 1983 tertanggal 16 Maret 1983. Sebagai Prodi yang telah berumur 33 tahun, Prodi Pendidikan Agama Islam telah banyak mengalami perkembangan yang pesat. Pada awalnya, Prodi Pendidikan Agama Islam hanya menyelenggarakan program pendidikan S2 dalam bidang Pendidikan Agama Islam secara umum. Kemudian seiring dengan tuntutan masyarakat, Prodi Pendidikan Agama Islam saat ini memiliki empat konsentrasi yaitu Pendidikan Agama Islam (PAI), Manajemen dan Kebijakan Pendidikan Agama Islam (MKPAI), Pendidikan Bahasa Arab (PBA), dan Pemikiran Pendidikan Agama Islam (PPAI). Pengelolaan Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam sejak tahun akademik 2015/2016 berdasarkan Surat Keputusan Rektor Nomor 49 tahun 2015 diintegrasikan di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan.

Program Studi Magister Pendidikan Agama Islam telah terakreditasi A oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan keputusan No 002/BAN-PT/AKVII/S2/V/2009, tanggal 29 Mei 2009. Peringkat nilai A diperoleh kembali pada reakreditasi periode berikutnya dengan terbitnya surat keputusan nomor 438.SK.BAN-PT/Akred/M/XI/2014.

Kurikulum yang berlaku telah mengacu pada Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI) level 8 untuk mempersiapkan tenaga ahli profesional yang memiliki karakter yang religius Islami diutamakan di Prodi PAI ini.

Pada tahun akademik 2015/2016 sebagai angkatan pertama jumlah mahasiswa sebanyak 168 orang berasal dari dalam dan luar negeri.pada tahun akademik 2020 telah berkembang menjadi 365 mahasiswa. Asal perguruan tinggi mahasiswa yang belajar di Prodi Magister Pendidikan Agama Islam bukan hanya berasal dari lingkungan Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTKIN) Kementerian Agama saja melainkan juga dari Perguruan Tinggi di Lingkungan Kementerian Pendidikan Tinggi Riset dan Teknologi (KEMENRISTEK).

Jumlah Satuan Kredit Semester yang harus ditempuh mahasiswa minimal sebanyak 38 SKS. Terdiri dari 8 mata kuliah wajib dengan bobot 30 SKS dan sejumlah mata kuliah pilihan dengan bobot 20 sks, yang harus diambil minimal 8 sks.

Jumlah dosen yang homebasenya berada di Magister PAI berjumlah 11 orang. Terdiri dari 2 orang bergelar guru besar (professor) dan 9 orang lainnya bergelar doktor dengan jabatan akademik Lektor dan Lektor Kepala.

Lembaga mitra yang secara efektif bekerjasama dengan prodi Magister PAI adalah Perguruan Tinggi Negeri dan Swasta di Yogyakarta, prodi Magister PAI seluruh Indonesia, beberapa Perguruan Tinggi di Luar Negeri, serta Kementerian Agama RI. Dalam 2 (dua) tahun terakhir, Magister PAI memperoleh kepercayaan dari Direktorat Guru dan Tenaga Kependidikan (GTK) Kemenag RI untuk menyelenggarakan kelas kerjasama dengan beasiswa penuh bagi guru-guru SKI di madrasah sebanyak 40 orang.